Согласно статье 55 Устава ЖДТ отношения между перевозчиком и владельцем железнодорожного пути необщего пользования, не принадлежащего владельцу инфраструктуры, по поводу эксплуатации такого железнодорожного пути регулируются договором на эксплуатацию железнодорожного пути необщего пользования. Отношения по подаче и уборке вагонов, маневровой работе для грузоотправителей (грузополучателей), имеющих склады и погрузочно-разгрузочные площадки на железнодорожных путях необщего пользования, принадлежащих владельцу инфраструктуры, регулируются договорами на подачу и уборку вагонов, заключаемыми перевозчиками с грузоотправителями (грузополучателями), согласно ст. 56 Устава ЖДТ. Заключение названных договоров обязательно как для перевозчика, так и для владельца железнодорожного пути необщего пользования, грузоотправителя (грузополучателя). При неосновательном уклонении одной из сторон от заключения этих договоров другая сторона вправе в соответствии с пунктом 4 статьи 445 ГК РФ и пунктом 2.12 Правил эксплуатации и обслуживания железнодорожных путей необщего пользования, утв. Приказом Министерства путей сообщения Российской Федерации от 18.06.2003 N 26, обратиться в арбитражный суд с заявлением об обязании заключить договор. В случае если перевозчик и владелец железнодорожного пути необщего пользования, грузоотправитель (грузополучатель) не пришли к соглашению по отдельным пунктам указанных договоров, заявления о рассмотрении таких разногласий принимаются без представления письменного соглашения сторон о передаче разногласий на разрешение арбитражного суда.

Годичный срок исковой давности, установленный статьей 797 ГК РФ и статьей 13 Закона о транспортной экспедиции, не распространяется на требования к участникам процесса транспортировки, основанные на обязательствах вследствие причинения вреда. К примеру, если при выполнении на путях необщего пользования погрузочно-разгрузочных работ Сторона 1 повредила стоявшие на соседних путях и не участвующие в перевозке вагоны, принадлежащие Стороне 2, то к урегулированию спора Сторон применяются общие правила Гражданского Кодекса РФ. Ранее Суды исходили из того, что статьей 104 Устава железнодорожного транспорта предусмотрены последствия повреждения или утраты предоставленных перевозчиком вагонов, в этом случае грузоотправители, грузополучатели обязаны их отремонтировать либо возместить стоимость ремонта, а также иные убытки, следовательно, на данное требование распространялся специальный годичный срок исковой давности по статье 126 Устава железнодорожного транспорта – иски по отношениям из перевозки грузов. Теперь судебная практика изменилась и позволяет разрешать некоторые споры, не в соответствии с  железнодорожными правилами, а по общим правилам Гражданского Кодекса РФ. Как разъяснено в пункте 32 постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 06.10.2005 N 30 "О некоторых вопросах практики применения Федерального закона "Устав железнодорожного транспорта Российской Федерации", положения Устава об ответственности перевозчиков, грузоотправителей и грузополучателей за утрату и повреждение подвижного состава не лишают собственников и законных владельцев вагонов и контейнеров права на защиту их нарушенных прав и законных интересов в порядке и способами, предусмотренными гражданским законодательством (ст.ст. 15, 196, 1064 ГК РФ), т. е. в течение 3-х лет. Несмотря на это, по спорам о причинении вреда на железной дороге, участникам перевозочного процесса гораздо выгоднее разрешать споры не растягивая их в общих сроках давности, т. к. последствия причинения вреда более доказательны сразу и разрешение споров ускоренно влечет более выгодные условия.

Электронная торговля заявками на перевозку грузов не редко приводит к ситуации неплатежей, связанных со спорами между перевозчиками и операторами электронных заявок (клиентами грузоотправителя). К примеру - грузоотправитель заключил договор с оператором электронных заявок, предоставил заявку, оплатил услуги перевозки. Оператор перенаправил эту заявку перевозчику (Перевозчик № 1). Перевозчик № 1 в силу занятости привлек третье лицо - стороннего перевозчика (Перевозчик № 2), который и перевез груз своими силами. Перед передачей груза Перевозчик № 2 заявляет оператору о необходимости оплаты его услуг, но оператор сообщает, что рассчитался с Перевозчиком № 1, Перевозчик 2 соответственно останавливает перевозку и отказывается передавать груз Грузополучателю, требуя оплату, в том числе от Грузоотправителя или Грузополучателя. Но они отказываются, т. к. уже рассчитались за перевозку Оператору. Из-за вынужденного простоя Перевозчик № 2 обычно решает все же передать груз Грузополучателю и далее обращается в суд с иском к Грузоотправителю или Грузополучателю о взыскании платы за оказанные для них услуги перевозки. Данные непростые споры встречаются все чаще и не редко связаны с недобросовестностью Оператора или Перевозчика № 1. Оба они пользуются тем, что торговля заявками ведется электронно, обезличено, зачастую в ускоренном формате, без обращения внимания на формальности сделки. В конечном итоге деньги получает Оператор или Перевозчик № 1, а работу выполняет срочно привлеченный по «сверх выгодной» заявке Перевозчик № 2, который по итогу оплату не получает. Верховный Суд РФ по данным ситуациям обратил внимание на следующее. Иск Перевозчика № 2 к Грузоотправителю или Грузополучателю является ненадлежащим, т. к. Грузоотправитель или Грузополучатель не заключали договор с Перевозчиком № 2 и оплату услуг перевозки Грузоотправитель уже произвел в пользу Оператора. Соответственно, иск Перевозчик № 2 может предъявлять к Оператору или к Перевозчику № 1, от которых Перевозчик № 2 получил «сверх выгодную» заявку. При данных обстоятельствах, даже транспортная накладная, по которой Перевозчик № 2 передал груз Грузополучателю (в интересах Грузоотправителя) не будет являться основанием для взыскания стоимости услуг с Грузоотправителя или Грузополучателя. Учитывая вышеизложенное, Перевозчик № 2, участвуя в электронных тендерах на грузоперевозки и получая перевыставленную электронную заявку, должен быть особо внимательным к подписываемым (электронно согласуемым) документам. Он изначально должен понимать, что в случае неоплаты за свои услуги требования он может предъявлять непосредственно к тому, кто вручил (предоставил) ему электронную заявку, т. е. к электронному Оператору или к Перевозчику № 1. Перед приемом «сверх выгодной» заявки Перевозчик № 2 должен изначально ознакомиться с реквизитами данных лиц и их правосубъектностью (присутствием в правовом поле).

Транспортная судебная практика совершенствуется. Верховный Суд РФ разъяснил, на экспедитора не может быть возложена ответственность за утрату, недостачу или повреждение (порчу) груза перевозчиком, если в силу договора экспедитор обязан выполнять лишь функцию агента грузоотправителя, за исключением случаев, когда экспедитор принял на себя ручательство за исполнение договора перевозки. К примеру, груз был передан обществом перевозчику и принят им к перевозке, что подтверждается квитанцией о приеме груза и железнодорожной накладной, в пути следования произошел сход вагонов, в результате чего груз был утрачен. В данном случае Экспедитор вправе отказать в возмещении ущерба Клиенту со ссылкой на то, что ответственность за утрату груза должен нести железнодорожный перевозчик. По смыслу пункта 1 статьи 801 ГК РФ содержание обязательства экспедитора может значительно отличаться (заключение договоров перевозки от имени клиента, оформление провозных документов, обеспечение отправки или получения груза и т.п.). На основании абзаца первого статьи 803 ГК РФ суд при возложении ответственности на экспедитора должен установить содержание его обязанностей и их ненадлежащее исполнение. Если условия договора транспортной экспедиции предусматривали только обязанности экспедитора согласовать планы железнодорожной перевозки и осуществить расчеты с перевозчиком, но не обеспечить доставку груза лично, вывод Клиента о том, что экспедитор является ответственным за утрату груза, является ошибочным. Таким образом, Экспедитор, который не является непосредственно перевозчиком и не возложил на себя по договору определенные функции перевозчика, не может нести ответственность за груз утраченный перевозчиком.

До недавнего времени Суды, при установлении факта утраты, недостачи или повреждения (порчи) груза по обстоятельствам, за которые отвечает перевозчик, освобождали перевозчика от обязанности возместить грузоотправителю реальный ущерб, если размер ущерба невозможно достоверно установить. К примеру, если груз был принят перевозчиком по местам, а в доказательство стоимости груза представлен договор поставки, заключенный с третьим лицом, и товарная накладная, однако в перевозочных документах ссылка на них отсутствует, то Суд отказывал в возмещении убытков. Теперь Верховный Суд РФ внес корректировку и указал, что Суд не может отказать в удовлетворении требования кредитора о возмещении убытков, причиненных неисполнением или ненадлежащим исполнением обязательства, только на том основании, что размер убытков не может быть установлен с разумной степенью достоверности. В этом случае размер подлежащих возмещению убытков определяется судом с учетом всех обстоятельств дела исходя из принципов справедливости и соразмерности ответственности допущенному нарушению обязательства. Само по себе отсутствие указания в транспортных документах стоимости груза не может служить основанием для освобождения перевозчика от ответственности при установлении факта неисполнения им обязательства.