Стабильный рост объемов грузоперевозок нередко сталкивается с ограниченной пропускной способностью железной дороги. Есть некоторое несоответствие (дисбаланс) потребностей рынка грузоперевозок, который насыщается инвестициями, в том числе в портовые мощности, с  возможностями железной дороги ускорять грузоперевозки. Зачастую это даже не вина РЖД. Не редко это связано с невыполнением стивидорами установленных норм выгрузки, а также отсутствие свободных складских площадей терминалов и емкостей нефтебаз, неисправность выгрузочной техники, использование грейферных способов выгрузки смерзшегося угля, а также неравномерная и, зачастую, сверхнормативная погрузка в адрес стивидорных компаний. К примеру, в начале 2016 г. ООО «Трансбункер-Ванино» среднесуточно выгружало 64 вагона при нормативе 150, ООО «РН-Нефтепродукт» - 311 вместо 325, ООО «Транснефть-Логистика» на станции Хмыловский – 68 вместо положенных 100 вагонов. Конечно все это решаемые вопросы. Но необходимо время и инвестиции, которые уже начали вкладывать в железнодорожную инфраструктуру РФ как государство, так и частные, в том числе иностранные инвесторы.

Из-за обилия «брошенных» поездов, а также нарушения сроков погрузки и  выгрузки, нарушаются сроки доставки грузов (в т. ч. порожних вагонов под погрузку), что влечет право заинтересованных лиц предъявлять к ОАО «РЖД» требования об уплате пени за просрочку доставки грузов. К примеру, по итогам 2015 г., только Дальневосточной железной дорогой было выплачено порядка 453 млн. руб. пени по просрочкам. Законодательство устроено таким образом, что грузоотправители или грузополучатели имеют значительный объем возможностей по взысканию пени за просрочку доставки грузов, даже несмотря на, казалось бы, уважительные причины просрочки.